Dalam rangka penuntasan Wajib Belajar 9 tahun yang bermutu, banyak program yang telah, sedang dan akan dilakukan. Program-program tersebut dapat dikelompokkan menjadi 3, yaitu pemerataan dan perluasan akses; peningkatan mutu, relevansi, dan daya saing; serta tata kelola, akuntabilitas, dan pencitraan publik. Meskipun tujuan utama program BOS adalah untuk pemerataan dan perluasan akses, program BOS juga merupakan program untuk peningkatan mutu, relevansi dan daya saing serta untuk tata kelola, akuntabilitas dan pencitraan publik.
Melalui program BOS yang terkait dengan gerakan percepatan penuntasan Wajib Belajar 9 Tahun, maka setiap pengelola program pendidikan harus memperhatikan hal - hal berikut :
- BOS harus menjadi sarana penting untuk meningkatkan akses dan mutu pendidikan dasar 9 tahun yang bermutu
- BOS harus memberi kepastian bahwa tidak boleh ada siswa miskin putus sekolah karena alasan finansial, seperti tidak mampu membeli baju seragam/alat tulis sekolah dan biaya lainnya
- BOS harus menjamin kepastian lulusan setingkat MI dapat melanjutkan ke tingkat MTs/sederajat
- Kepala MI menjamin semua siswa yang akan lulus dapat melanjutkan ke MTs/sederajat
- Kepala Madrasah berkewajiban mengidentifikasi anak putus sekolah di lingkungannya untuk diajak kembali ke bangku madarsah
- Kepala Madrasah harus mengelola dana BOS secara transparan dan akuntabel
- BOS tidak menghalangi siswa, orang tua yang mampu, atau walinya memberikan sumbangan sukarela yang tidak mengikat kepada madrasah. Sumbangan sukarela dari orang tua siswa harus bersifat ikhlas, tidak terikat waktu, tidak ditetapkan jumlahnya, dan tidak mendiskriminasikan mereka yang tidak memberikan sumbangan.
Beberapa hal yang perlu diperhatikan juga tentang Tujuan dan Implementasi Dana BOS untuk Lembaga / Sekolah berikut ini :
- Semua madrasah negeri dan swasta yang telah mendapatkan izin operasi wajib menerima program BOS; bagi madrasah yang menolak BOS harus diputuskan melalui persetujuan orang tua siswa melalui Komite Madrasah dan tetap menjamin kelangsungan pendidikan siswa miskin di madrasah tersebut
- Semua madrasah negeri dilarang melakukan pungutan kepada orang tua/wali siswa
- Untuk madrasah swasta, yang mendapatkan bantuan pemerintah dan/atau pemerintah daerah pada tahun ajaran berjalan, dapat memungut biaya pendidikan yang digunakan hanya untuk memenuhi kekurangan biaya investasi dan biaya operasi
- Seluruh madrasah/PPS yang menerima program BOS harus mengikuti pedoman BOS yang telah ditetapkan oleh Kementerian Agama Republik Indonesia
- Madrasah dapat menerima sumbangan dari masyarakat dan orang tua/wali siswa yang mampu untuk memenuhi kekurangan biaya yang diperlukan oleh madrasah. Sumbangan dapat berupa uang dan/atau barang/jasa yang bersifat sukarela, tidak memaksa, tidak mengikat, dan tidak ditentukan jumlah maupun jangka waktu pemberiannya
- Kanwil Kementerian Agama harus ikut mengendalikan dan mengawasi pungutan yang dilakukan oleh madrasah dan sumbangan yang diterima dari masyarakat/orang tua/wali siswa tersebut mengikuti prinsip nirlaba dan dikelola dengan prinsip transparansi dan akuntabilitas
- Kanwil Kementerian Agama dapat membatalkan pungutan yang dilakukan oleh madrasah apabila madrasah melanggar peraturan perundang-undangan dan dinilai meresahkan masyarakat
Dalam program BOS, dana diterima oleh madrasah secara utuh, dan dikelola secara mandiri oleh madrasah dengan melibatkan dewan guru dan Komite Madrasah. Dengan demikian program BOS sangat mendukung implementasi penerapan MBS yang secara umum bertujuan untuk memberdayakan madrasah melalui pemberian kewenangan (otonomi), pemberian fleksibilitas yang lebih besar untuk mengelola sumber daya madrasah, dan mendorong partisipasi warga madrasah dan masyarakat untuk meningkatkan mutu pendidikan di madrasah. Melalui program BOS, warga madrasah diharapkan dapat lebih mengembangkan madrasah dengan memperhatikan hal-hal berikut:
- Madrasah mengelola dana secara profesional, transparan dan dapat dipertanggungjawabkan.
- BOS harus menjadi sarana penting untuk meningkatkan pemberdayaan madrasah dalam rangka peningkatan akses, mutu, dan manajemen madra sah
- Madrasah harus memiliki Rencana Jangka Menengah yang disusun 4 tahunan
- Madrasah harus menyusun Rencana Kerja Tahunan (RKT) dalam bentuk Rencana Kegiatan dan Anggaran Madrasah (R KAM), dimana dana BOS merupakan bagian integral di dalam RKAM tersebut
- Rencana Jangka Menengah dan RKAM harus disetujui dalam rapat Dewan Pendidik setelah memperhatikan pertimbangan Komite Madrasah dan disahkan oleh Kantor Kemenag Kabupaten/Kota atau Yayasan (untuk madrasah swasta).